A empresa que no mesmo local físico tenha mais que um CNPJ (Atividades diferentes) e os empregados estão locados cada um com no seu CNPJ de registro deverá adquirir mais de um REP, ou poderá usar o mesmo REP para todas as marcações?

Segundo a Instrução Normativa Nº 85/2010, cada Registrador Eletrônico de Ponto - REP somente poderá conter empregados do mesmo empregador, excetuados os seguintes casos:
I - registro de jornada do trabalhador temporário regido pela Lei nº 6.019, de 3 de janeiro de 1974 no REP do tomador de serviços, posto que a subordinação direta por este exercida obriga-o a atender ao disposto no § 2º do art. 74 da CLT em relação ao referido trabalhador, sem prática discriminatória em comparação aos demais empregados; e
II - empresas de um mesmo grupo econômico, nos termos do § 2º do art. 2º da CLT, que podem determinar a consignação das marcações de ponto no mesmo REP dos seus empregados que compartilhem o mesmo local de trabalho ou que estejam trabalhando em outra empresa do mesmo grupo econômico.
Parágrafo único. Ocorrendo alguma das situações mencionadas nos incs. I e II do caput, o Programa de Tratamento de Registro de Ponto deverá identificar o empregado e considerar as respectivas marcações para o controle de ponto da empresa empregadora.