Esta portaria franqueia ao empregado livre acesso ao local de trabalho, independente de horário?

Não. A portaria não altera em nada o poder do empregador de controlar o acesso do empregado ao local de trabalho, nem de fazer cumprir a jornada do trabalhador. o SREP deve apenas registrar fielmente as jornadas efetivamente praticadas pelos empregados.